Yorug'lik va elektron mikroskoplar bir-biridan farq qiladi. O'xshash atamalarning o'zgarishlarini solishtiring.
Optik mikroskop faqat hujayra devorlari, xloroplastlar, belgilangan xromosomalar, mitoxondriyalar, yadrolar va boshqalar kabi hujayra tuzilmalarini ko'rishi mumkin, elektron mikroskop esa barcha hujayra tuzilmalarini kuzatishi mumkin. Oddiy qilib aytganda, yorug'lik mikroskopi hujayraning mikroskopik tuzilishini, elektron mikroskop esa uning submikroskopik tarkibini ochib beradi.
Kattalashtirish asosiy farqdir. Qanchalik kattalashtirishdan qat'i nazar, optik mikroskoplar maksimal kattalashtirishga ega bo'lib, undan ortig'ini inson ko'zi seza olmaydi. y(min)=0.61*toʻlqin uzunligi / (n*sinu) n*sinu neftga botgan taqdirda ham maksimal taxminan 1,5 ga teng, qolgan miqdorlar toʻlqin uzunligining oʻlchamiga bogʻliq. Shuning uchun, kattalashtirish befoyda, chunki optik mikroskopning maksimal kattalashtirishi taxminan 1000 marta. Elektron mikroskopni tasvirlashda ishlatiladigan elektron nurlarning to'lqin uzunligi ko'rinadigan yorug'likdan sezilarli darajada qisqaroq bo'lgani uchun ular mayda detallarni hal qila oladi, bu esa bir necha milliongacha kattalashtirishga imkon beradi.
