Kichik qismlardan tortib yirik elektron qurilmalargacha bo'lgan keng doiradagi ob'ektlarni mikroskopik mikroskop yordamida samarali tekshirish va tahlil qilish mumkin. Raqamli mikroskoplar ta'lim, tadqiqot, tibbiyot, sud tibbiyoti va sanoat ishlab chiqarish kabi ko'plab sohalarda qo'llaniladi. Ular odatda quyidagilar uchun ishlatiladi:
Avtomobil tormoz prokladkalarini tekshiring
Huquqni muhofaza qilish organlarida soxta hujjatlarni aniqlash
Ishlab chiqarishda ulagich pinlarini tekshiring
To'planadigan tangalar yoki shtamplarni tekshiring
Ishlab chiqarish jarayonida yarimo'tkazgichli simli aloqalarni tekshirish
San'at asarini tiklang va saqlang
Zargarlik buyumlari va soatlarda murakkab ta'mirlash ishlarini bajaring
Sanoat sifatini ta'minlash / sifat nazorati jarayonlarini kuchaytirish
Avtomobilni bo'yash jarayonida nuqsonlar mavjudligini miqdoriy aniqlash
Tarixiy fayllarni tahlil qilish
Arxeologiya va paleontologiya bo'yicha dala tadqiqotlarini o'tkazish
